La presonera d'Alger és un relat melancòlic i cínic sobre la batalla d'Alger, un dels episodis més dolorosos de la guerra d'independència i un dels traumes, encara no superats, de la història francesa contemporània. En plena revolta dels independentistes de l'FNL, Daniel Valls, un militar francès d'origen rossellonès, idealista i romàntic, s'instal·la a Alger. Enmig d'una guerra aterridora, en què els drets humans són negligits constantment tant pels francesos com pels independentistes, Valls s'enamora d'una jove terrorista algeriana. La seva relació és malvista pels companys del militar, especialment pel sotsoficial Patrice Clerc, les idees reaccionàries del qual xoquen amb les del comandant Valls. L'arrest de Ben M'hidi, figura històrica de l'FLN, obre un període de pau a Alger: els assassinats deixen de ser per uns dies el pa de cada dia, però un nou atemptat esvaeix de seguida el somni de l'Algèria fraternal. Mentrestant, malgrat tots els advertiments i amenaces, Valls i Assia no han renunciat al seu amor i només la mort els podrà separar.