Els orfes que integren lAcadèmia, dirigida per la jove Sofia Hipàtia, fan servir una revolucionària forma de pensar, basada en la filosofia, que els permet trobar pistes noves per descobrir el criminal més buscat. Una inquietant figureta de paper feta amb la tècnica de lorigami apareix al costat del cadàver dun capità de vaixell. Ara bé, el cos no presenta signes de violència i la policia descarta que sigui un assassinat. Només els pensadors de lagència FILO & SOFIA es plantegen que el fet és sospitós. Tràgicament, les seves sospites aviat es fan realitat